На сегодняшний день выбор остановился на Zotero. Для работы можно использовать как stand-alone версию, так и плагин для Firefox, что удобнее, т.к. добавлять статьи можно непосредственно в процессе просмотра веба.

Настройки:

имя пользователя в Zotero: hpdc
пароль Pjnthj7Gfhjkm5

Также необходимо указать «синхронизацию файлов» с помощью WebDAV. Параметры:

URL: http://192.168.1.12:8031/webdav/zotero/
имя пользователя: hpdc
пароль: Ljrtfh2Vtyltktq

В случае успешной установки надо будет нажать на зеленую круговую стрелку и синхронизация библиотеки завершится успешно.

Нужно иметь ввиду, что данные библиотеки хранятся в локальной папке профиля Firefox (~/.firefox/….), поэтому следите за местом на диске!

Вторым (белым) адресом, по которому доступно Zotero является:
http://82.196.66.12:8031/webdav

По вопросу более тонкой настройки: http://ubuntuguide.org/wiki/WebDAV