Для приложения со враппером нужно добавить опцию <is_wrapper/> в файл version.xml (см. http://boinc.berkeley.edu/trac/wiki/AppVersionNew). Тогда клиент будет знать, что бинарник с тегом <main_program/> - враппер, и будет запускать его с высоким приоритетом (это ускорит управление заданиями на клиенте, настоящее приложение по-прежнему будет иметь низкий приоритет).

Если клиент загружает версию приложения для неправильной платформы (например, 32bit вместо 64bit) и в результате каждое задание завершается с ошибкой: надо добавить в файл config.xml на сервере опцию <prefer_primary_platform>1</prefer_primary_platform>