На сегодняшний день выбор остановился на Zotero. Для работы можно использовать как stand-alone версию, так и плагин для Firefox, что удобнее, т.к. добавлять статьи можно непосредственно в процессе просмотра веба.
Настройки:
имя пользователя в Zotero: hpdc пароль Pjnthj7Gfhjkm5
Также необходимо указать «синхронизацию файлов» с помощью WebDAV. Параметры:
URL: http://192.168.1.12:8031/webdav/zotero/ имя пользователя: hpdc пароль: Ljrtfh2Vtyltktq
В случае успешной установки надо будет нажать на зеленую круговую стрелку и синхронизация библиотеки завершится успешно.
Нужно иметь ввиду, что данные библиотеки хранятся в локальной папке профиля Firefox (~/.firefox/….), поэтому следите за местом на диске!
Вторым (белым) адресом, по которому доступно Zotero является:
http://82.196.66.12:8031/webdav
По вопросу более тонкой настройки: http://ubuntuguide.org/wiki/WebDAV