Для приложения со враппером нужно добавить опцию <is_wrapper/> в файл version.xml (см. http://boinc.berkeley.edu/trac/wiki/AppVersionNew). Тогда клиент будет знать, что бинарник с тегом <main_program/> - враппер, и будет запускать его с высоким приоритетом (это ускорит управление заданиями на клиенте, настоящее приложение по-прежнему будет иметь низкий приоритет).

Если в БД много воркюнитов, то запросы могут тормозить. Чтобы ускорить их, полезно добавить индексы в MySQL. Мне понадобилось create index batchindex on workunit(batch).

Скрипт server_status.php использует кэширование запросов к БД, по умолчанию кэш хранится 1 час, это неудобно. Можно заменить время жизни кэша, например, в функции get_mysql_count (get_cached_data, set_cached_data).

Если клиент загружает версию приложения для неправильной платформы (например, 32bit вместо 64bit) и в результате каждое задание завершается с ошибкой: надо добавить в файл config.xml <prefer_primary_platform>1</prefer_primary_platform>